Vợ của Hendry, Denise, qua đời vào ngày 10 tháng 7 năm 2009, ở tuổi 43.[11] Cái chết của bà là do biến chứng trong một ca phẫu thuật cần thiết sau ca phẫu thuật thẩm mỹ được thực hiện vào tháng 4 năm 2002.[11] Hendry có bốn người con với vợ: Rheagan, Kyle, Callum và Niamh..[12] Con trai ông Callum cũng là một cầu thủ bóng đá.[13]

Vào ngày 23 tháng 6 năm 2010, Hendry chính thức bị tuyên bố phá sản tại Tòa án Hạt Blackpool. Có thông tin cho rằng ông phải đối mặt với hóa đơn thuế hơn 1 triệu bảng Anh và nợ các chủ nợ khác hàng nghìn bảng Anh.[14] Một trong những chủ nợ là SpreadEx, một công ty cá cược.[14]

Hendry bị buộc tội quấy rối và hành hung bạn gái cũ vào tháng 5 năm 2015.[15] Sau đó, ông đã nhận tội quấy rối, trong khi cáo buộc hành hung được bãi bỏ.